Ce système a été introduit par la directive 2003/87/CE du Parlement européen et du Conseil du 13 octobre 2003 établissant un système d’échange de quotas d’émission de gaz à effet de serre dans la Communauté et modifiant la directive 96/61/CE du Conseil. Le système d’échange de quotas d’émission de GES a débuté le 1er janvier 2005 et se décompose en 4 phases : 2005-2007, 2008-2012, 2013-2020, 2021-2030.

Un plafond fixe la quantité maximale de gaz à effet de serre pouvant être émise par les usines, centrales et autres installations couvertes par le système. Ce plafond est abaissé progressivement pour réduire la quantité totale d’émissions. Dans les limites de ce plafond, les entreprises reçoivent ou achètent des quotas d’émission qu’elles peuvent échanger avec d’autres entreprises en fonction de leurs besoins. À la fin de chaque année, chaque société doit restituer un nombre suffisant de quotas pour couvrir toutes ses émissions sous peine de s’exposer à de lourdes amendes. Une entreprise qui a réduit ses émissions peut conserver l’excédent de quotas pour couvrir ses besoins futurs ou bien les vendre à une autre entreprise qui en a besoin.

Pour les installations industrielles, la directive du 13 octobre 2003 a été transcrite dans la réglementation des ICPE.

L’article R229-5 du code de l’environnement liste les catégories d’ICPE qui sont soumises au système d’échange des quotas CO2. Les installations visées sont principalement des ICPE produisant ou transformant des métaux ferreux, produisant de l’énergie, des produits minéraux, du papier ou de la pâte à papier (à l’exclusion des installations ou parties d’installations utilisées pour la recherche, le développement et l’expérimentation de nouveaux produits et procédés).

Les nouveaux entrants dans le SEQ-UE doivent déposer une demande d’allocation de quotas à titre gratuit auprès de la préfecture dans l’année suivant l’exploitation normale de l’installation concernée.

Cette demande doit contenir :

• Le questionnaire électronique de déclaration (fichier Excel) ;
• Un rapport méthodologique. Ce rapport s’appuie sur le plan de surveillance qui doit être envoyé et approuvé par la DREAL avant le passage de l’organisme vérificateur et la demande d’allocation ;
• L’avis d’assurance raisonnable sur la demande d’allocation délivrée par un organisme vérificateur accrédité. A l’issue de cette demande, le montant des quotas affectés à titre gratuit sera fixé par arrêté (arrêté du 24 janvier 2014 fixant la liste des exploitants auxquels sont affectés des quotas d’émission de gaz à effet de serre et le montant des quotas affectés à titre gratuit pour la période 2013-2020).Une fois cette étape réalisée, chaque exploitant doit déclarer ses émissions annuelles de CO2 sur  le site Internet de gestion du registre des émissions polluantes (GEREP) au plus tard le 28 février. Cette déclaration doit être accompagnée du rapport de l’organisme vérificateur contenant l’avis d’assurance raisonnable sur la déclaration. Enfin, tout exploitant doit restituer à l’Etat, au plus tard le 30 avril de chaque année, une quantité de quotas correspondante aux émissions, déclarées et validées. Cette déclaration se fait sur le registre de gestion des quotas et crédits d’émission des gaz à effet de serre (site internet administré par la caisse des dépôts et des consignations). Pour accéder à ce site, l’entreprise doit d’abord prendre contact avec la CDC pour remplir un dossier d’ouverture de compte : registrefrancais-GES@caissedesdepots.fr